约90%的肛瘘病人属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起。除了腺源性肛瘘外，还可能有一些特异性原因的肛瘘。比如结核病会引起肛周的结核性感染，导致结核性肛瘘的发生；炎症性肠病也可发生肛周的并发症，表现为肛瘘，肛裂等。一些外在性的因素，比如痔疮肛裂手术处理不当，引发肛周感染，导致肛瘘；跌伤，刀伤，枪伤，如果恰好在肛门直肠部位可能因继发感染引起肛瘘。
高位肛瘘是指瘘管位于外括约肌深部以上，可分为高位单纯性肛瘘（只有一个瘘管）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘臂）。脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。当外口阻塞或假性愈合，脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
高位肛瘘复发常见的原因是手术内口没有找准确，换药不到位复查不及时，形成假性愈合，遗漏粗大支管没有处理。要到正规的医院就诊，手术的技术要求会得到保障，术后注意护理。
高位复杂性肛瘘的发病原因：约90%的肛瘘属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起；还可能有一些特异性原因的肛瘘；外在性的因素，比如痔疮，肛裂，跌伤，感染性病等；手术方面的因素。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。