对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
在药疗方面的选药就可以选一些消炎的西药，平时保持肛门清洁，热水浴的时候就可以用温水坐浴，大便后可以用温水或稀的硼酸水冲洗外阴和肛门。保持肛门清洁。也可以采用挂线疗法，或者中医疗法。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
肛周脓肿想要治好需要找到内口，治疗内口，后期饮食注意就不会在复发，一般只切开排脓是达不到效果，去正规的肛肠医院检查治疗。不要过食辛辣，过度饮酒，注意个人卫生。还要忌食生冷之物及油腻之品，以防发生腹泻或粪渣堵塞肛窦。