肛瘘由肛周脓肿引起，临床表现为局部红肿、疼痛、破溃、流脓，反复发作；痔疮由肛门周围肿物脱出引起，临床表现为肛垫病理性增生肥大，引起脱出、出血以及肛门的坠胀、瘙痒等不适。
痔疮是肛垫下移和静脉曲张引起的，肛瘘是肛腺感染引起的，肛瘘多由肛周脓肿发展而来。痔疮主要的症状是便血、脱肛、肛门瘙痒和肛门疼痛。肛瘘主要的症状是肛周疼痛和不定期出现脓血性分泌物。痔疮的治疗原则是对症治疗和保守治疗，大部分痔疮都不需要手术治疗。肛瘘的治疗原则是一旦确诊就需要手术治疗。
痔疮是直肠下端黏膜下或肛管肛门缘皮肤的静脉曲张扩大而形成的柔软静脉团块。平时隐蔽在肛门内不能看到排便时有可能脱出。肛瘘是肛门附近与直肠下部发生一瘘管。在医生的检查下确定病情，平时禁辛辣刺激食物及饮酒。保持大便通畅，预防便秘。
肛瘘痔疮主要表现为：肛门流脓、肿块、瘙痒等症状。如果瘘口被堵塞，可以发生急性感染，表现为肛周脓肿的类似症状，局部红肿疼痛、有波动感等。由于病程比较长，病人常常有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡以及神经衰弱等合并症存在。
痔疮肛瘘症状有肛旁肿痛，伴间歇性流脓，局部肛门潮湿及瘙痒。肛周皮肤可见一个炎性窦口，挤压有脓性分泌物。沿着窦口可扪及一个条索状管道，通常内口在齿状线位置，若是诊断为肛瘘，通常需要行手术治疗。手术治疗的方式根据肛瘘与肛门括约肌的位置关系不同而采取不同的手术方式。若是低位单纯性肛瘘可以行肛瘘切除术。若是高位肛瘘，可以行肛瘘挂线引流术。
肛瘘与痔疮都是肛肠科常见的疾病，二者临床症状有相似之处，但二者有本质区别的。肛瘘是指发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。而痔疮主要是指直肠下段黏膜下和肛管皮肤下的静脉丛淤血、扩张和屈曲所形成的静脉团。