通过置入探头通过直肠乙状结肠，降结肠，横结肠升结肠到回盲部。观察肠壁粘膜是否有病变。一般分为有痛肠镜和无痛肠镜。有痛肠镜，不用麻醉，但是疼痛程度尚可忍受，不至于捅破肠壁。无痛胃镜冲破肠壁的风险会增高。
能感觉到疼痛，但是不像想象的那么痛苦，肠镜检查过程中要向肠腔注气使肠腔充盈，才能够清楚的观察肠黏膜病变，所以在肠镜检查后都会感觉到腹部胀痛不适。缓解胀痛可以到厕所蹲厕所拍拍气，用手轻揉腹部协助排气。不用太担心。检查之后，才可以对症用药治疗。
应该是从两个方面来分析，普通的肠镜下，一般疼痛，很多时候都与病人的肠道走行有很大的关系，一般偏瘦的病人或者是过度肥胖的病人，肠腔走行比较狭窄的或是比较弯曲锐角比较多，做检查过程中会出现疼痛的。其次，做肠镜的疼痛也与操作的手法，有一定的关系。
不同的人做肠镜的体验也不同。腹胀和疼痛的体验是不多见的，多数的人只是感觉肚子有点胀，想排便，疼痛只发生在进镜困难的病例，比如肠道走行曲折或者有肠道狭窄和肠道痉挛时。越是紧张，越容易出现疼痛的感觉，尽量放松会减轻不适。
检查的疾病主要有结肠炎，结肠息肉，结肠癌，直肠炎，直肠息肉，直肠癌，肠镜检查的原理，是向结肠内注入气体，肠腔扩张，然后带摄像头的结肠镜进行检查，疼痛是比较剧烈的。