该病症状有：反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘脱肛主要症状流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛，一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块，可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
肛瘘的原因与肛周脓肿、肛门直肠损伤、肛裂、反复感染、会阴手术等直接相关。临床表现主要为脓肿、肿胀和疼痛，一般无全身症状。如果有感染，有许多表现，如发烧等。肛瘘需要由附近医院的肛门直肠科进一步检查。明确的诊断可以在医生的指导下考虑。拉丝疗法、外科治疗等。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。