低位肛瘘，属于比较简单的肛瘘，最有效的治疗办法是进行手术，可以选择瘘管切除或者切除缝合术。因为肛瘘属于慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿，反复迁延不愈导致的。在手术以后，应该注意定期进行换药，尤其是在每次排便之后，及时进行清洗，清除创腔或者创面表面的分泌物，及时应用碘伏进行消毒。
治疗原则积极治疗原发病，多采用抗感染药物及手术治疗。治疗方针积极治疗原发病，多采用抗感染药物及手术治疗。肛瘘是肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗的感染，可能和痔疮或者是肛周脓肿反复发作形成了多个瘘口等不良现象，一般低位肛瘘可以采取挂线保守治疗。治疗后应该注意彻底复查多补充粗纤维食物，保持肛门周围局部卫生，清淡饮食，多补充新鲜水果和蔬菜，润肠通便，防止便秘，减少痔疮和肛周脓肿的发生。
低位肛瘘指的是瘘管位置不穿过30%外括约肌的肛瘘，基本上是在肛周皮下的一些瘘管。除此之外，低位肛瘘还与肛门控便功能有关，很少引起肛门控便功能障碍的瘘管叫做低位肛瘘。
低位肛瘘与高位肛瘘症状是一样的，主要表现是肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。确诊是需要行肛门指诊或直肠镜检查，治疗是需要手术治疗的。
低位肛瘘不需要住院，属于小手术，不用过多担心。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性食物，应该听从医生的安排。简单低位瘘的手术方法大同小异，即将瘘管内外口全部切开，使创面完全开放，然后经过换药使创面达到恢复。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。