肛周脓肿手术后疼痛要一周。康复大约还需要两周，三周后差不多可以上班了，工作虽然重要，但是身体更重要，期间可应用抗生素抗感染治疗，局部加强换药。疼痛时配合口服止疼药物。也可配合清热解毒的中药，饮食上避免辛辣刺激性食物。
一般术后一个月左右伤口可以长好。脓肿术后需要每天肛门用清热解毒、然后摸药膏，定期换药。平时注意饮食，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果蔬菜，保持大便通畅。便秘、腹泻都有可能造成伤口水肿。一般术后十天左右伤口就没有什么感觉了，可以恢复上班，伤口长好需要一个月左右。
肛周脓肿可以做收缩肛门的运动，也叫提肛运动。肛周脓肿手术后头几天还是要尽量少运动，多卧床休息。这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处，平时要注意卫生。
肛周脓肿必须手术治疗，不然将成为一个严重的问题。同时，可以选择无痛微创手术治疗。恢复期很短。同时，手术后易于护理。如果肛周脓肿手术后疼痛，可以适当使用一些止痛药，同时也可以混合一些胃保护药。肛周脓肿手术后，应注意换药治疗，定期坐浴治疗，直至脓肿浅部基本消失。
肛周脓肿切口感染了可以用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔.必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流。