流脓是主要症状。脓液多少与瘘管长短，多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。
疼痛瘘管通畅无炎症时，无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。排脓排脓是轻度肛瘘症状的主要症状。
肛周或臀部瘘口经久不愈，或时愈时溃，溢出脓液，刺激局部皮肤痒痛不适。肛周或臀部可见瘘口，或溃或闭，有的可见局部变硬，不平滑，色紫脱皮等。浅的瘘管可沿外口触及硬索状管道行向齿线，指压有少量脓液从外口溢出。有的可在齿线肛隐窝处触及凹陷硬结为内口。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。