对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
唇裂只是单纯的嘴唇部裂开，上颚部是正常的，不往上延伸到压槽及软腭；而唇腭裂，是除了唇裂外，同时有软腭裂开（上颚部），严重的可以达到硬腭部在治疗上，是需要手术治疗的，没有其他的好办法，当然，单纯的唇裂，手术是比较简单的，而唇腭裂就比较复杂了。
对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
唇裂和腭裂的小孩生下来，一般唇裂可在半岁之内做治疗，因为唇裂的患者吸奶会有一些影响，应该尽早的把问题解决，腭裂一般在1-2岁之内或者是1岁以内，可以把腭裂修补。
唇腭裂的发生和遗传有一定的关系，还和环境因素有关，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。孕期注意定期做孕检，注意休息，保持心情舒畅。