一般情况下，指甲上很多小坑可能是缺钙、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：挑食、节食等因素可能导致患者出现缺钙的情况，可能导致患者指甲上很多小坑。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，也可以吃一些牛奶、红枣等来补钙。
2.真菌感染：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者甲面方式变化，可能出现指甲上很多小坑的情况。患者应及时就诊，遵医嘱进行抗真菌治疗，以免耽误病情。
指甲上有小坑是典型的灰指甲的前期病症，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。可以由用热水泡一下，要等待新指甲长出之后，就会消失。如果状况较重，是需要进行药物治疗。
一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
灰指甲因真菌感染所致，真菌入侵甲板或甲床时，真菌会迅速繁殖，使甲床上角质物过度积累，呈现甲板颜色变深、混浊、增厚、变脆、表面不平整等。
在日常生活中，夏季空气潮湿，气温较高，若鞋袜不透气或不及时清洗，在一些公共澡堂或游泳馆中使用拖鞋和毛巾等公共用品等，指（趾）甲极易感染真菌而诱发灰指甲。该病的治疗目前普遍采用外用抗真菌药物，常用的药物有亮甲复方聚维酮碘搽剂等，可有效杀菌、消炎、止痒，并可抑制真菌进一步繁殖再生。病症严重时也可以配合口服药物进行系统治疗，常使用伊曲康唑和特比萘芬。
需注意的是，灰指甲病程较长且容易反复发作，因此患者必须坚持抗真菌治疗，在此过程中切忌间断。
孩子指甲凹凸不平，常见的原因主要包括长期的缺乏营养，贫血或者是体内缺乏辛硫蛋白质等微量元素，可以做微量元素检测，可以明确。指甲凹凸不平，还有可能是灰指甲，因为真菌感染可以破坏甲床。
指甲出现凹陷小坑通常是饮食不均衡和缺乏微量元素引起的。需要查一下微量元素和维生素d，注意有没有缺锌贫血和缺维生素。平时注意不要偏食，多吃蔬菜水果。多吃点新鲜的水果蔬菜，不能偏食。