卵巢囊肿有生理性的和病理性的，生理性的是发生在排卵期或是怀孕早期的，是由于体内激素波动造成的，后期是会自行消失，不需进行治疗的。病理性的一般是炎症感染刺激造成的，属于良性的肿瘤。是可以先服用药物保守治疗的，后期观察囊肿的变化，逐渐增大出现混合性包块只要不恶化变异，需要进行手术治疗，一般是进行腹腔镜下剔除术的。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
良性卵巢囊肿病程长，囊肿逐渐长大，多无不适症状；而恶性者病程短，囊肿迅速长大，且有时可伴有发热。良性者多为生育期妇女，情况良好；而恶性者发病多见于青春期前少女、青少年或绝经后妇女，病情发展快。
不一定，良性或者恶性可从患者的症状和生长速度等方面进行判断良性的卵巢囊肿一般生长慢，不良反应少，恶性的囊肿会迅速的长大，有时可能会有流血，腹痛等症状存在。良性囊肿多发生在生育期妇女身上;而恶性囊肿一般发作于青春期前少女、青少年或绝经后妇女。早期即有转移病灶，并迅速出现消瘦等恶性病变表现。体征：良性者常为单侧，可活动，表面光滑，包膜完整，囊性，不伴腹水;而恶性者有时为双侧，不活动，与周围组织常有粘连，部分为实性，表面不光滑，可能穿破包膜，种植在腹腔或盆腔内，在子宫直肠陷凹处可触到固定的结节，常伴有血性腹水，如抽吸腹水检查可能查到癌细胞。禁忌：1、饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。2、适宜食物：牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。3、禁忌食品：蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。4、避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
判断卵巢囊肿是良性肿瘤还是恶性肿瘤，主要依据以下几个方面：第一、卵巢囊肿要根据肿物的大小判断，囊性是否伴有出血、坏死，囊内容物是浆液性还是黏液性。一般恶性肿瘤会出现实性肿物，多彩状，伴有出血坏死等。第二、卵巢囊肿需要经过手术切除来进行病理检查，并根据组织细胞结构的特点来诊断，必要时应该结合免疫组织化学染色和基因检测从而进行有针对性的治疗。
卵巢囊肿可以根据症状及时对症治疗控制，有囊肿暂时不要怀小孩子，在卵巢囊肿好转以后再进行怀小孩子是比较安全的，平时注意情绪调节控制，不用太担心，囊肿不会导致不孕不育。