小儿夜间咳嗽可见于呼吸系统疾病和消化系统疾病，可见于支气管炎，咽喉炎，支气管肺炎，反流性食管炎等疾病有关。可能与炎症感染，反流的胃内容物刺激咽后壁，异物或刺激性气体吸入，气候改变等因素所致。
宝宝下半夜（2、3点）咳嗽，考虑宝宝现在的情况属于支气管炎的可能性较大。如果很多药物效果都不佳的情况下，带孩子到中医院儿科看一下，服用中药治疗，如止嗽散加减的中药。平时宜给宝宝清淡饮食，注意避风防寒。
一般情况下，宝宝咳嗽半夜发烧白天没事可能是由于呼吸道的炎症所致。具体分析如下：
孩子晚上会发烧，白天没什么问题，这是因为体内的荷尔蒙的水平和昼夜的周期不同。白天的时候，孩子的生理功能会快速的运行，到了夜晚，体内的荷尔蒙含量会降低，会出现发烧的情况。此外，夜晚的时候，孩子的大脑会进入一种睡眠模式，白天受到的短暂压制也会随之消失，孩子不但会发烧，还会发烧；其次，婴儿体内的水分含量要高于成年人，一旦脱水就会影响到人体的热量。夜晚婴儿的流入量相对较小，因此夜晚易于发烧；有的父母在睡觉之前就会让孩子摄入高卡路里的食品，例如奶类和其他的营养物质，这样孩子睡觉后会因为消化不了而产生大量的卡路里，从而导致发烧；另外，习惯于夜间为婴儿盖被子，也会导致散热降低；白天和晚上对宝宝的关心度不同，晚上会感觉孩子在发烧。
咳嗽主要见于呼吸、心血管系统和胸膜疾病。长期咳嗽多见于慢性支气管炎、咽喉炎、咳嗽变异性哮喘、肺结核等，如咳嗽有无激发因素，咳嗽有无伴见咳痰，痰色质等，由于咽痛，有无低热、盗汗、乏力等表现。
小孩咳嗽反胃通常是胃食管反流、感染、喂食不当、炎症刺激等因素导致的：
1.小孩咳嗽的时候，腹腔压力增大，会引起胃容量受压，导致胃内容物反流引起反胃；2.小孩咳嗽很多是感染因素引起，感染本身可以引起消化吸收功能下降，也容易出现消化道症状如反胃；3.小孩咳嗽期间饮食喂养不当，比如吃了油腻刺激性的食物、吃得太多太饱的，都可能引起孩子反胃；4.还有部分小孩咳嗽属于咽喉部发炎，咽喉部发炎本身就容易出现反胃。
半夜经常咳嗽咳醒的原因有很多，比如呼吸道疾病，如支气管炎、肺炎、慢性阻塞性肺气肿、支气管哮喘等疾病或者心血管系统疾病如左心衰、冠心病等都可引起。应该及时查胸片、心脏彩超、心肌酶、肺功能检测等相关检查，明确病因，对因治疗。