半夜经常咳嗽咳醒的原因有很多，比如呼吸道疾病，如支气管炎、肺炎、慢性阻塞性肺气肿、支气管哮喘等疾病或者心血管系统疾病如左心衰、冠心病等都可引起。应该及时查胸片、心脏彩超、心肌酶、肺功能检测等相关检查，明确病因，对因治疗。
咳嗽变异性哮喘、左心衰、上呼吸道感染等都是导致夜间咳嗽的因素。
1.左心衰：患者的运动能力和心功能下降，造成肺组织淤血，从而影响到肺的通气换气。平躺会导致肺淤血加重，咳嗽加重。
2.咳嗽变态哮喘：以干咳为主，夜间干咳症状加重。
3.上呼吸道感染：上呼吸道的炎症导致咽部粘膜组织的水肿。
需要在医生的指导下进行相应的检查和规范的治疗。
宝宝下半夜（2、3点）咳嗽，考虑宝宝现在的情况属于支气管炎的可能性较大。如果很多药物效果都不佳的情况下，带孩子到中医院儿科看一下，服用中药治疗，如止嗽散加减的中药。平时宜给宝宝清淡饮食，注意避风防寒。
小儿夜间咳嗽可见于呼吸系统疾病和消化系统疾病，可见于支气管炎，咽喉炎，支气管肺炎，反流性食管炎等疾病有关。可能与炎症感染，反流的胃内容物刺激咽后壁，异物或刺激性气体吸入，气候改变等因素所致。
咳嗽主要见于呼吸、心血管系统和胸膜疾病。长期咳嗽多见于慢性支气管炎、咽喉炎、咳嗽变异性哮喘、肺结核等，如咳嗽有无激发因素，咳嗽有无伴见咳痰，痰色质等，由于咽痛，有无低热、盗汗、乏力等表现。
干咳最常见的原因是呼吸道慢性炎症。根本机理是内外界刺激，使得呼吸道黏膜肥大细胞和嗜酸性粒细胞释放出致敏物质白三烯，使得支气管平滑肌痉挛，产生咳嗽。中医理论认为，过敏性咳嗽，以脾肺肾三脏不足，形成宿痰内伏的特殊状况为内因，外邪触动伏痰，痰气邪风搏结于气道，肺失宣降，是本病发病机制。